W rezultacie zmian ustrojowych zapoczątkowanych w Polsce w 1989 r. zreorganizowano struktury wojskowego wywiadu i kontrwywiadu.
Wojskowe Służby Informacyjne (1991–2006)
Powstałe formalnie w 1991 r. i działające do 2006 r. Wojskowe Służby Informacyjne były w dużej mierze kontynuacją Wojskowej Służby Wewnętrznej. Część struktury, kadry oraz aparat kontrwywiadowczy i wywiadowczy (sieć współpracowników) zostały przejęte przez WSI. Służba ta była częścią SZ RP i podlegała cywilnej kontroli zgodnie z wprowadzonymi standardami NATO. Do 2003 r. działalność WSI nie była regulowana żadną ustawą. Kadrę WSI cechowało poczucie wojskowej odrębności i elitarności, wspólnota biograficzna i zasób ekskluzywnej wiedzy. Studia, przeszkolenia oraz kursy w KGB i GRU, a także w innych służbach bloku sowieckiego przeszło niemal 300 żołnierzy WSI, wielu z nich stanowiło kadrę kierowniczą
1.
WSI charakteryzowały typowe dla służb specjalnych słabości i wyzwania. Te pierwsze obejmowały obecne w SZ RP w latach 90 kadrowe procesy przekształceniowe2. Wciąż obecne procesy decyzyjne i procedury z okresu komunistycznego zastępowały wprowadzane w zbyt wolnym tempie zmiany wynikające z procesu wstępowania do NATO. W drugiej połowie lat 90. część żołnierzy WSI skorzystała z bogatej oferty kursów i szkoleń oferowanych przez USA oraz innych sojuszników z NATO. Pierwszym żołnierzem WSI, który wygrał otwarty konkurs na stanowisko w Zarządzie Wywiadu Międzynarodowego Sztabu Wojskowego w KG NATO (IMS INT) w 1999 r. był płk Ryszard Palczak (były zastępca atatché obrony w Waszyngtonie w latach 80.), który z powodzeniem pełnił obowiązki Szefa Oddziału Polityki i Planowania IMS INT przez całą kadencję do 2002 r.
Z uwagi na decyzje polityczne demokratycznie wybranych władz RP, Sejm z inicjatywy Prezydenta RP Zwierzchnika Sił Zbrojnych Lecha Kaczyńskiego, przyjął w 2006 r. ustawy o likwidacji i weryfikacji WSI oraz o powołaniu w ich miejsce Służby Kontrwywiadu Wojskowego i Służby Wywiadu Wojskowego. W rezultacie przyjętych ustaw prezydent i prezes Rady Ministrów powołali członków Komisji Weryfikacyjnej WSI, a minister obrony narodowej powołał Komisję ds. Likwidacji WSI. Służba ta została ostatecznie zlikwidowana we wrześniu 2006 r., a majątek i aktywa podzielone między nowopowstałe SKW i SWW. W październiku 2006 r. Komisja ds. Likwidacji WSI złożyła marszałkowi Sejmu za pośrednictwem Sejmowej Komisji ds. Służb Specjalnych sprawozdanie z działalności, a Komisja Weryfikacyjna WSI sporządziła raport z weryfikacji, który decyzją Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego został odtajniony i ogłoszony w lutym 2007 r.
Komisja Weryfikacyjna opracowała również aneks do raportu WSI, który pozostaje niejawny. Prezydent Lech Kaczyński, jak również jego następcy, nie zdecydowali się na ujawnienie jego treści ze względu na kontrowersyjny charakter sformułowań publicystycznych.
Żaden żołnierz WSI nie został skazany w wyniku raportu Komisji Weryfikacyjnej WSI. Sądy powszechne zasądziły natomiast co najmniej 1,2 mln. PLN odszkodowań w 29 sprawach wytoczonych przez osoby wymienione w negatywnym świetle w raporcie (22 wyroki sądów, 7 ugód). Wielu żołnierzy WSI z powodzeniem wciąż pełni służbę w SZ RP, w tym na najwyższych stanowiskach. Prezydent Bronisław Komorowski mianował 4-krotnie na pierwszy lub kolejny stopień generalski 3 byłych żołnierzy WSI. Z kolei Prezydent Andrzej Duda mianował 5-krotnie na pierwszy i kolejne stopnie generalskie 4 byłych oficerów WSI. Prezydent Andrzej Duda nadał tytuł profesorski byłemu żołnierzowi WSI. Inni żołnierze WSI z powodzeniem pną się również w hierarchii akademickiej, w tym zajmują stanowiska kierownicze w Akademii Sztuki Wojennej, kierując jednym z instytutów.
1 W SZ RP służyło wielu żołnierzy kształconych w ZSRR, którzy stopniowo odchodzili do rezerwy. Jeden z nich, absolwent Akademii Pancernej w Moskwie, był głównym doradcą wiceministra obrony narodowej Tomasza Szatkowskiego (minister obrony narodowej Antoni Macierewicz) w procesie tworzenia Strategicznego Przeglądu Obronnego w latach 2016-2017. Ten sam generał pełnił w kolejnych latach, do 2023 r., rolę tzw. mentora w czasie kursów generalskich w ASzWoj.
2 Najsłynniejszą komisją parlamentarną opisującą negatywne aspekty działania służb specjalnych była w latach 70. tzw. Komisja Churcha zajmującą się działalnością CIA w okresie powojennym.
