Geneza polskiego kontrwywiadu wojskowego sięga początków II Rzeczpospolitej. Okres organizowania i kształtowania tej formacji to lata 1918–1921, gdy Wojsko Polskie toczyło zacięte i zwycięskie wojny o niepodległość Polski i jej kształt terytorialny.
Organizując Wojsko Polskie powołano pod koniec października 1918 r. struktury kontrwywiadu wojskowego w Sztabie Generalnym. Organizowali go żołnierze i funkcjonariusze, którzy wywodzili się z polskich organizacji konspiracyjnych, formacji wojskowych walczących o niepodległość w I wojnie światowej, a także Polacy, którzy służyli w armiach państw zaborczych. Wywodząc się z różnych środowisk i podążając wieloma drogami do tego samego celu, stanęli w jednym szeregu by ochronić odradzającą się II Rzeczpospolitą przed działalnością szpiegowską, dywersyjną i agitacją antypaństwową.
Po licznych reorganizacjach służba kontrwywiadu w strefie walk została podporządkowana Oddziałowi II Naczelnego Dowództwa Wojska Polskiego, a na pozostałym obszarze kraju Oddziałowi II Sztabu Ministerstwa Spraw Wojskowych.
Zagrożenia dla bezpieczeństwa sił zbrojnych i państwa znacznie wzrosły w czasie walk toczonych w 1920 r. z Rosją Sowiecką. By zwiększyć skuteczność kontrwywiadu przeprowadzono zasadniczą reorganizację tej służby informacyjnej. 22 czerwca 1920 r. ze struktur wywiadu Oddziału II Naczelnego Dowództwa Wojska Polskiego wyodrębniono kontrwywiad. Tak powstała samodzielna Sekcja VII, Defensywy podporządkowana bezpośrednio szefowi Oddziału II Naczelnego Dowództwa Wojska Polskiego.
Niezmiernie istotny wkład w odzyskanie niepodległości miały służby kryptograficzne Wojska Polskiego. W czasie wojny polsko-sowieckiej oficerowie oraz pracownicy Biura Szyfrów odczytywali treść zaszyfrowanych radiodepesz Armii Czerwonej. Od sierpnia 1919 r. do końca 1920 r. odczytano kilka tysięcy szyfrogramów. W najgorętszym okresie wojny, latem 1920 r., gdy Armia Czerwona zbliżyła się do Warszawy i ważyły się losy niepodległości Polski, radiokontrwywiad rozszyfrowywał średnio od 400 do 500 radiodepesz miesięcznie. Zagłuszano też łączność Sowietów, a w eter emitowano fałszywe rozkazy, które dezorientowały jednostki Armii Czerwonej. Był to ogromny wkład w obronę niepodległości II Rzeczypospolitej, a jak sądzą niektórzy historycy, również w uchronienie Europy Zachodniej przed ekspansją komunizmu. Bolszewicy bowiem nie przypuszczali, że Polacy regularnie przechwytywali i odczytywali ich depesze.
