Szef SKW jest centralnym organem administracji rządowej i podlega Ministrowi Obrony Narodowej, z zastrzeżeniem uprawnień Prezesa Rady Ministrów lub Ministra Koordynatora Służb Specjalnych, w przypadku jego powołania.
Działalność Szefa SKW podlega kontroli Sejmu.
(więcej: na stronach Sejmu)